作为我国第一个专业的独立清算机构，上海清算所的服务对象主要局限于银行间债券、外汇、利率和汇率衍生品交易市场。对于传统交易量更大、影响更为深广的股票与期货市场尚未涉及。
虽然目前我国的股票与期货市场还不够发达，但是，建立一个完善的多层次的金融体系是我国的发展目标，也是永恒不变的发展课题。如果不把整个金融市场的交易内容都纳入到独立清算所的服务范围，就失去了建立清算所的意义，也无法系统有效地防范金融风险。因此，涉足股票和期货市场可以被视为未来上海清算所业务进一步发展的方向。
此外，清算所作为所有交易者的中央对手方，不得不面临小额多次交易者交易成本居高不下的问题，采取何种代理佣金制度，或者合适的会员制交易模式将是上海清算所要面临的重大课题。
作为服务于银行间市场的重要中介机构，上海清算所要通过建立和完善清算会员、保证金、逐日盯市、风险准备金等各项制度，进一步加强风险管理，维护清算系统安全、高效、稳定运行。要严格按照《公司法》的要求和现代企业制度的标准，建立和完善公司治理结构，加强人才队伍建设，不断提高为银行间市场成员提供集中清算服务的水平。
首先，建立内部统一机构，形成严密合理的资金清算核算手续。上海清算所应着重加强制度建设和机构的设置，明确各分部门的职能，形成统一的有效率的结构体系，借鉴西方国家的现金经验。在履行清算职能时，应该综合考虑宏观经济形势，防范金融风险，提高资金运作效率等各方面的因素，努力提高清算效率。
其次，清算所要努力提高服务质量，加强汇兑结算监管力度，为建立全国统一银行清算体系奠定基础。清算所应加强汇兑业务的监管力度，凡是应纳入电子联行系统内大额转汇业务及跨系统、跨地区的转汇业务，都要严格按规定办理，从而有利于银行结算纪律的执行，以保证资金清算工作顺利进行，为建立中央银行领导下的银行体系铺平道路。
最后，中央银行应该加强监管力度，保证清算所健康有序地运作。人民银行应自上而下尽快建立资金清算管理机构，赋予其相对独立职能，把电子联行、同城票据交换业务纳入其管理之下，并理顺各部门关系，明确各部门 的职责，健全和严密核算手续，由其代理人民银行行使资金支付与资金清算职能，使其对各商业银行和各金融机构实行全国统一的联行清算系统，增强中央银行的宏观调控和金融监管能力。
近年来，我国中央银行和商业银行相继建成了具有国际先进技术水平的清算体系，使我国银行清算业建设迈出了坚实的步伐。但是，还有许多方面不能满足经济发展的需要。
因此，首先要明确直接参与者中央银行和商业银行在清算系统建设中的责任和作用，共同规划，筹措资金。其次要规范商业银行建设清算系统的行为；再其次要为经济不发达地区银行清算制定过渡办法。根据我国国情，在全国范围内在一定时间里，银行清算系统将是数据通讯、软盘传递、票据自动清分系统、邮件电报传递和人工代邮方式并存。最后要正确理解清算服务与清算风险的关系，既要重视加强服务，又要重视防范风险，要清醒地看到清算风险随着金融业务发展和清算手段现代化程度的提高而不断加大，除了在制度上和技术上作出必要的规定外，还要加强银行清算票据的审查，为防范风险提供必要的条件。
